Самым большим и самым важным храмом на Филе является большой Храм Исиды, который ориентируется с юга на север. Дорога, ведущая к храму, приводит к Залу Нектанеба. Зал Нектанеба переходит в большой Внешний Двор, который датируется концом эры Птолемеев периода или периодом господства Августа. Двор включает стену, известную как первая опора (с северной стороны) и колоннаду (с восточной и западной стороны). Здесь может также быть замечена секция твердой стены набережной, которая очевидно обрамляла когда-то главную часть острова и была прервана в нескольких местах лестницей, ведущей вниз к воде. Первая опора составляет 150 футов (45.5 м.) в ширину и 60 футов (18 м.) в высоту. Она состоит из двух башен и центральных ворот-дверей, которые были украшены барельефом с изображениями Нектанебо. На фронтальной части восточной башни есть огромная фигура Птолемея XII, который хватает группу врагов за волосы и поднимает, чтобы ударить, а Исида, сокол (представляющий Гора Эдфу) и Хатор слева наблюдают за фараоном. Выше есть еще два барельефа Птолемея XII, в коронах Верхнего и Нижнего Египта. На западной башне есть подобный барельеф, а в подножье выбиты димотические и древнегреческие надписи. Дверной проем в этой башне украшен барельефом Филометора, и приводит непосредственно к входу в Дом Рождения. Перед опорой первоначально располагались два гранитных обелиска, установленные Эвергетом II и два гранитных льва.

Восточная колоннада незакончена, и имеет только 6 из 16 законченных колон. Другие примерно высечены с незаконченными капиталами. На тыльной стороне стены восточной колоннады пять дверей, которые приводили в различные часовни. Западная колоннада составляет 305 футов (93 м.) в длину и имеет 31 (первоначально 32) колоны 17 футов (5.10 м.) в высоту, с капиталами во множестве форм. Большинство колон содержат изображения Императора Тиберия, приносящего дары богам. Крыша колоннады украшена звездами и полетом стервятника. На тыльной стене есть два ряда барельефов, изображающих императора, обычно Августа или Тиберия, преподносящих дары богам. От колоннады подземная лестница ведет вниз к маленькому Нилометру. К западу от передней площадки, сразу позади первой опоры, расположен Дом Рождения (Mammisi). Этот зал был посвящен Хатор-Исиде в честь рождения ее сына Гора и был тем местом, где фараон проводил ритуалы, через которые он получал благословение от Гора. Зал окружен со всех четырех сторон колоннадами, колоны которых содержат капиталы в виде листвы. Стены, колоны и экраны между колонами покрыты барельефами и надписями, главным образом, датируемые временами Эвергета II, Птолемея XII, Августа и Тиберия. Самый известный барельеф в последней палате, который изображает Гора как сокола в болотах Дельты, или Гора сосущего грудь Исиды в болотах, и другие сцены из детства Гора. Вторая опора составляет 105 футов (32 м.) в ширину и 40 футов (12 м.) в высоту и покрыта также барельефами. Сцены на центральном дверном проеме посвящены Эвергета II. На более низкой части восточной башни изображена большая фигура Птолемея XII, приносящего в жертву жертвенных животных Гору и Хатор. Выше находится два маленьких барельефа, на которых изображен фараон, надевающий венок на Гора и Нефтиды (справа) и дающий ладан Осирису, Исиде и Гору, и поливая воду на алтарь (слева). На западной башне есть подобный барельеф, изображения на котором были преднамеренно стерты.

Перед второй опорой находится фундамент маленькой часовни. На вторую опору можно подняться по лестнице, расположенной с северной стороны западной башни, и на вершине которой находится платформа, которая соединяет две башни. В пределах центрального дверного проема есть несколько очень поврежденных ранних христианских фресок. Позади второй опоры расположен Храм Исиды, который состоит из двора, вестибюля, нескольких вестибюлей и внутреннего святилища, где священное изображение Исиды было сохранено. Стены покрыты барельефами и надписями, изображающими различных представителей Династии Птолемеев (Филадельфия, Эвргета II, и т.д.) и римских Императоров (Августа, Тиберия, Антония Пия). Эти изображения очень подобны барельефам в других храмах этого периода, особенно в храмах Дендера и Эдфу. Вестибюль Храма Исиды имеет восемь колон и был первоначально отделен от двора экранами между колонами с фронтальной стороны. Вестибюль и двор были позже преобразованы в христианскую церковь: коптские кресты выгравированы на стенах, и греческая надпись свидетельствует о том, что "эта хорошая работа" была сделана во времена Епископа Теодора (во время господства Юстиниана). Выше двери находится надпись, ознаменовывающая археологическую экспедицию, посланную в Филе в 1841 году Папой римским Григорием XVI.

Поразительный Гипостильный Зал содержит десять огромных столбов. Столбы имеют красивые рисунки и должны были символизировать первые растения, деревья и цветы на земле, которая начала появляться из Первобытной Насыпи (символизируемой полом храма). На потолке (представляющем небо) содержатся изображения Дневной Лодки и Вечерней Лодки, и грифов Верхнего и Нижнего Египта. Приблизительно 55 ярдов (50 м.) к востоку от Храма Исиды расположен небольшой Храм Хатор, построенный Филометром и Эвргетом II в честь Хатор-Афродиты. Вестибюль и святилище (теперь разрушенные) были позже добавлены императором Августом. Колоны вестибюля украшены барельефами с изображениями флейтистов и арфистов, Беса с тамбурином, Беса танцующего и играющего на арфе, обезьян, играющих на лире, священников, переносящих антилопу, и т.д. На экранах между колонами Августа есть изображения различных персонификаций Хатор. Сохраненная лучше всего часть структуры - главная палата храма, на фронте которой находится две колоны, связанные со стенами экранами. К юго-востоку от Храма Хатор на берегу реки, возможно, самое привлекательное здание на острове, Киоск Траяна, который датируется Римским Императорским периодом, но был оставлен незаконченным.